Der GmbH-Geschäftsführer ist gesetzlicher Vertreter der GmbH und vertritt diese gegenüber den Gesellschaftern und Dritten (z. B. Kunden, Lieferanten oder Finanzamt und Sozialversicherungsträgern) gerichtlich und außergerichtlich. Die Vertretungsbefugnis – ggf. gemeinsam mit einem weiteren Geschäftsführer – kann im Außenverhältnis nicht beschränkt werden. Aus den Vorschriften des GmbH-Gesetzes ergeben sich zwar die Pflichten des Geschäftsführers, nicht aber dessen persönliche Rechte gegenüber der GmbH. So ist dem GmbH-Gesetz z. B. nicht zu entnehmen, welche Vergütung dem Geschäftsführer zusteht oder ob und wie lange er Urlaub hat. Diese Punkte müssen individuell mit den Gesellschaftern in einem Anstellungsvertrag geregelt werden (vgl. hierzu Kapitel II.). Aus der Satzung der GmbH (= Gesellschaftsvertrag) kann sich u. a. die Erlaubnis des Geschäftsführers ergeben, selbst Geschäfte mit der GmbH abzuschließen (vgl. Kapitel II. 1.) oder die Regelung, dass mehrere Geschäftsführer nur gemeinsam handeln dürfen.
Geschäftsordnungen der GmbH enthalten oft ausführliche Regelungen darüber, welche Geschäfte der Geschäftsführer nicht ohne vorherige Genehmigung der Gesellschafterversammlung abschließen darf. Solche Beschränkungen im Innenverhältnis betreffen häufig das Verbot, Grundstücke zu kaufen oder Darlehen ab einer bestimmten Größenordnung ohne Rücksprache aufzunehmen. Die Geschäftsordnung ist gegenüber der Satzung nachrangig. So können in der Geschäftsordnung nur Regelungen getroffen werden, die der Satzung und dem Gesetz nicht widersprechen. Die Geschäftsordnung wird von der Gesellschafterversammlung aufgrund einer Erlaubnis in der Satzung beschlossen. Besteht eine Geschäftsordnung, wird der Geschäftsführer in seinem Anstellungsvertrag regelmäßig auf die Einhaltung der Geschäftsordnung verpflichtet werden.
Ein Geschäftsführer muss die Geschäfte der Gesellschaft mit der Sorgfalt eines ordentlichen Geschäftsmanns ausführen. Bei Verletzung seiner Pflichten riskiert er, von der Gesellschaft für entstandene Schäden in Regress genommen zu werden. Aber auch Dritte wie Sozialversicherungsträger können den Geschäftsführer in die persönliche Haftung nehmen (vgl. Kapitel VI.). Die Rechtsprechung des Bundesgerichtshofs und der Oberlandesgerichte zeigt, dass der GmbH-Geschäftsführer seine Pflichten nicht auf die leichte Schulter nehmen darf.